Pour sauver ceux qu'il aime, Naruto, en très mauvaise posture, porte une attaque dévastatrice à Gaara. Après avoir atteint des sommets de violence, le combat à mort entre Orochimaru et Hokage arrive à son dénouement. Alors que l'assaut sur Konoha se termine, deux sinistres personnages s'approchent du village des compagnons.
Blessé dans son orgueil, Chôji triomphe de Jirôbô, mais s'effondre à l'issue du combat. Déterminés à tuer chacun un ennemi, Shikamaru, Naruto, Neji et Kiba se dressent face aux ninjas d'Oto. Fort de son Byakugan, le descendant des Hyûga provoque Kidomaru, le combattant araignée. Un duel à mort s'engage.
Naruto et ses compagnons approchent Kabuto qui espionnait pour le compte d'Akatsuki. Mais Orochimaru ayant rompu le sort d'envoûtement qui frappe son fidèle lieutenant, la stratégie du commando de Konoha échoue. Orochimaru provoque alors Naruto et ses équipiers en faisant allusion à Sasuke. Sous l'effet de la colère, Naruto libère le pouvoir du Démon-Renard.
Sous l'égide de Kakashi, Naruto commence un entraînement intensif qui vise à lui procurer la force nécessaire afin de ramener définitivement au village son ancien compagnon. Par ailleurs, deux envoyés d'Akatsuki à la recherche des Bijû s'introduisent dans le pays du feu. Asuma et ses hommes partent à leur recherche. La rencontre est inévitable...